以前ある会社のロゴデザインをしました。 友人(知人)だったので、5万円だけいただき、契約書等はかわしていません。
大きくなったら還元するからね！の言葉を信じておりました。
その後そのロゴを使用してグッズ販売があり、何万個も売れ、現在も販売中です。(その際のグッズデザイン、パッケージデザインも私がしました。数万円デザイン料をいただきました) その時は友好的な関係で、気持ちで作成し、なおかつお金の話もしずらかったのでそのままにしてしまったのです。
. 所有権はデザイナー側にあると思うのですが、一個あたり販売ごとにいくら(5%など)、という契約を今からできるのでしょうか。
著作権の譲渡契約や使用契約はしていないのでしょうか。当初の受け取った金額はどのような意味を持つものでしょうか。
お書きになった事情からすれば，当初の受け取った金額は，さしあたりの金額で，その後のことはまた決めようよということのように思われます。
この受け取った金額の性質が本件の大きなポイントです。
ロゴのデザインは，著作者に著作権があります。
通常は，著作権について譲渡することが多く，その譲渡代金という形で金銭のやりとりが発生します。
ケースによっては，ロイヤリティ（使用料）契約をして，売上の何％等の取り決めをします。
ご質問の
「
所有権はデザイナー側にあると思うのですが、一個あたり販売ごとにいくら(5%など)、という契約を今からできるのでしょうか。
」
については，著作権を譲渡してない（と認められる）のであればできます。
また，既に販売した者についても，著作権の譲渡してないのであれば，請求できます。
著作権の譲渡があると認められてしまわないか，を精査したうえで，著作権の対価を算定して過去分を請求する，将来にわたっても同様に合意をすることを提案するということが今後必要であると思われます。
場合によっては大きな金額になる可能性があり，なかなか早期に簡単には終わらないかもしれませんが，しっかりとやればそれなりの結論を導くことができる可能性が少なくないものと思われます。
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